El juicio por el atentado a la AMIA demandó 342 audiencias en las que declararon 1284 testigos a lo largo de 36 meses: el debate oral más largo de la historia argentina. Llegó a su fin el 2 de septiembre de 2004. Ese día el Tribunal Oral en lo Criminal N° 3 declaró nulo el decreto con el que en octubre de 1995, se dispuso instrumentar la Causa Brigadas y todo lo actuado en ese expediente. El tribunal absolvió a Telleldín, y a Ribelli, Raúl Edilio Ibarra, Mario Bareiro y Anastasio Leal (los policías bonaerenses falsamente involucrados por Telleldín). Además, a todo el grupo de acusados de delitos conexos al hecho principal.
El tribunal también declaró nulo el informe preliminar elaborado por el departamento de Explosivos que da cuenta del secuestro del motor de Trafic. Y ordenó enviar a la Cámara Federal Criminal para que investigara a Galeano, Mullen, Barbaccia, por los delitos que se habrían cometido durante la etapa de Instrucción. Habló de falsedad ideológica, destrucción de pruebas, privación ilegítima de la libertad y torturas. Beraja fue denunciado por falso testimnio. Y se pidió investigar, entre otros, a Anzorreguy y el rol de la SIDE.
En mayo de 2009, la Corte Suprema de Justicia Nacional dejó sin efecto la nulidad que pesaba sobre los primeros tramos de la causa, porque no estaban “viciados” por parcialidad en la actuación del ex juez Galeano. El máximo tribunal dejó en pie los primeros tramos de la investigación -que incluye la pesquisa sobre Carlos Telleldín y sus primeras indagatorias- y ordenó investigar a policías bonaerenses por extorsión en perjuicio de Telleldín.