El día del atentado se abrió la causa penal en la que intervino el Juzgado Criminal y Correccional Federal Nº 9, que estaba de turno, a cargo de Juan José Galeano. En representación del Ministerio Público Fiscal intervinieron Eamon Mullen –titular de la Fiscalía Nº 9- y José Barbaccia, fiscal adjunto. Hasta 1995 tramitó sólo la causa nº 1156 denominada “AMIA”. Tuvo como único detenido a Carlos Alberto Telleldín, último tenedor identificado de la camioneta Trafic que se sospecha contuvo el explosivo que hizo estallar la sede de la AMIA.
A Telleldín se le imputó haber participado en el atentado, se lo procesa en agosto del 94. En octubre de 1995, Galeano ordenó abrir una nueva causa para investigar a policías bonaerenses sospechados de participar del atentado: se la conoce como la causa “Brigadas” (Nº 1598).
A partir de una declaración de Telleldín del 5 de julio de 1996, se ordenó la detención de los policías, se los procesó y fueron acusados por la fiscalía y una de las querellas en el juicio oral por haber participado en el atentado.
Las causas AMIA y Brigadas tramitaron en forma paralela hasta 1999, cuando la Cámara de Apelaciones ordenó acumularlas. El Tribunal Oral entendió que la división inicial de las causas fue una argucia de Galeano para lograr diferentes objetivos, no siempre lícitos.
La instrucción se elevó a juicio el 26 de febrero del 2000. Imputó a Telleldín, Ribelli, Ibarra, Bareiro y Leal como partícipes del atentado. También se incluyó en la elevación la conducta de otras diecisiete personas a quienes se les imputaron diversos delitos no relacionados directamente con el atentado, pero –a criterio del juez instructor- conexos.
A pesar de la elevación a juicio y del juicio oral, continuaron bajo investigación diversas pistas, en una causa llamada coloquialmente “Amia residual”, a cargo de Galeano.
En diciembre del 2003, Galeano fue separado de la causa por la Cámara de Apelaciones que entendió que el magistrado había perdido imparcialidad en la investigación. La causa a cargo del juez federal Canicoba Corral, que después la delegó a la Unidad Especial de investigación de la causa Amia (UFI AMIA)
La Unidad Fiscal para la Investigación de la causa AMIA se creó en 2004 para actuar en la tramitación de la causa principal ante el Juzgado Nacional en lo Criminal y Correccional Federal Nº 6, de manera conjunta o alternativa con las fiscalías que correspondan. Interviene en todas las demás causas que guardan relación con ese hecho, así como aquellas relacionadas con el encubrimiento u obstaculización de la acción de la justicia. Estuvo a cargo de Alberto Nisman hasta su muerte, en enero de 2015.
Antes, Nisman se había desempeñado como fiscal durante el juicio oral (entre 2001 y 2004). Había sido convocado en 1997 por Mullen y Barbaccia como coadyuvante.
El 2 de septiembre de 2004, el juez Miguel Pons leyó la sentencia de ese juicio. En dos años y diez meses de audiencias, nada se sabía sobre los artífices de la masacre.
Los jueces del Tribunal Oral decidieron que la imputación del atentado efectuada a los policías fue el resultado de una hipótesis armada por el juez Galeano a quien diversos funcionarios le habrían dado apoyo y colaboración. La conclusión fue una nulidad que implicó la absolución de los imputados. Lo sentencia del TOF 3 declaró nulo el decreto del 31 de octubre de 1995, por el que se dispuso instruir la causa Brigadas. En palabras del Tribunal: “y todo lo actuado en consecuencia respecto de las personas por las que se formuló requerimiento de elevación a juicio (arts. 18 y 75, inc. 22, de la Constitución Nacional; 26, segundo párrafo, de la Declaración Americana de los Derechos y Deberes del Hombre; 10 de la Declaración Universal de los Derechos Humanos; 8.1 de la Convención Americana sobre Derechos Humanos; 14.1 del Pacto Internacional de Derechos Civiles y Políticos; 167, inc. 3º, 168 y 172 del Código Procesal Penal de la Nación)”.
El tribunal pidió que se investigara el encubrimiento y entendió que incluía a actores políticos, jurídicos, policiales y de Inteligencia, entre los que se contaba hasta Carlos Saúl Menen, en su cargo de Presidente de la Nación.
En mayo de 2009, un fallo de la Corte Suprema de Justicia confirmó, en parte, esta sentencia. Para el máximo tribunal, no se podía confirmar la nulidad de todo lo actuado, sino sólo de aquel tramo de la investigación en la que Galeano actuó “viciado de parcialidad”. Con el voto de los ministros Ricardo Lorenzetti, Elena Highton de Nolasco, Carlos Fayt y Juan Carlos Maqueda, se dieron por válidos los primeros tramos de la investigación. El que lleva a Telleldín como el último tenedor de la camioneta que se habría utilizado como coche bomba y las que indican que antes del atentado, los policías de la Bonaerense lo habían extorsionado para sacarle dinero y algunos de los vehículos que “doblaba”. En ambos casos ordenaron investigarlo.
En disidencia votaron los ministros Carmen Argibay y Enrique Petracchi, quienes sostuvieron que debe confirmarse la sentencia impugnada en todas sus partes, incluyendo la nulidad de todo lo actuado. En síntesis: de la resolución de la Corte se desprende que la mentira se habría construido sobre una parte de verdad.